Στο πλαίσιο των εργασιών για τη στερέωση και αποκατάσταση της τράπεζας της Μονής Βατοπεδίου, η Εφορεία Αρχαιοτήτων Χαλκιδικής και Αγίου Όρους διενήργησε επιλεκτικά ανασκαφικές τομές με στόχο την αναζήτηση της βυζαντινής Τράπεζας.
Οι εργασίες έφεραν στο φως μεγάλο μέρος της αρχικής βυζαντινής τράπεζας του 10ου αιώνα, η οποία προκύπτει ότι ήταν επίσης σταυρόσχημη, όπως και η σημερινή. Εντοπίστηκε επίσης η μεγέθυνση της τράπεζας του 12ου αιώνα προς τα δυτικά και τα κατά καιρούς επάλληλα δάπεδα και βάσεις των τραπεζιών, στοιχεία που μαρτυρούν τις ανακαινιστικές εργασίες που γίνονταν για ένα διάστημα 700 περίπου χρόνων. Τις επάλληλες φάσεις τεκμηριώνουν ένας ικανός αριθμός οστράκων από εφυαλωμένα αγγεία, τα οποία καλύπτουν ένα ευρύ χρονικό διάστημα από τα τέλη 10ου αι. έως και τα όψιμα μεταβυζαντινά χρόνια.
Από τις γραπτές πηγές γνωρίζουμε τρεις χρονικές στιγμές που σχετίζονται με τη βυζαντινή Τράπεζα: α) η πρώτη σχετίζεται με την ίδρυση της Μονής στα τέλη του 10ου αι. , β) η δεύτερη με τη μεγέθυνση της τράπεζας στα τελευταία χρόνια του 12ου αι., γ) και η τρίτη με την ανακαίνιση της τράπεζας στα 1319. Τα αποτελέσματα της ανασκαφής έρχονται σε αξιοσημείωτη συμφωνία με τα δεδομένα από τις ιστορικές πηγές.
H σημερινή τράπεζα της Μονής Βατοπεδίου κτίστηκε το 1785 στα δυτικά του καθολικού. Έχει σταυρόσχημη κάτοψη, κόγχες στα άκρα των τριών κεραιών του σταυρού και δύο βοηθητικούς χώρους στην βορειοανατολική και νοτιοανατολική γωνία. Οι τοιχογραφίες στο εσωτερικό της φιλοτεχνήθηκαν το 1786 από τον εκ Γαλατίστης μοναχό Μακάριο. Στο εσωτερικό της επαναχρησιμοποιήθηκαν τότε τα βυζαντινά μαρμάρινα τραπέζια, προερχόμενα προφανώς από την προγενέστερη τράπεζα. Σύμφωνα με τις ιστορικές μαρτυρίες η παλαιότερη εκείνη τράπεζα βρισκόταν στην ίδια περίπου θέση με τη σημερινή.
Επίσης πολύ σημαντικά για την ιστορία του χώρου της Μονής Βατοπεδίου είναι τα κτιριακά κατάλοιπα που αποκάλυψαν οι ανασκαφικές τομές βαθύτερα από τη στάθμη του δαπέδου της βυζαντινής τράπεζας, τα οποία μπορούν να χρονολογηθούν στην Πρωτοβυζαντινή περίοδο και ενδεχομένως σχετίζονται με τα κατάλοιπα της βασιλικής που είχαν βρεθεί προ 20ετίας κάτω από το Καθολικό της Μονής, κατά τη διάρκεια ανασκαφής έξω από τη βόρεια πλευρά του.
Η ανασκαφική τομή στο βορειοανατολικό βοηθητικό διαμέρισμα της υφιστάμενης τράπεζας αποκάλυψε έναν βυζαντινό εργαστηριακό χώρο με αποσπασματικά σωζόμενο κεραμικό κλίβανο, δεξαμενή και αποθέτη. Από τα χαρακτηριστικά της λειτουργίας του κλιβάνου μπορούμε να υποθέσουμε ότι αυτός προοριζόταν για την καμίνευση κυρίως μικρών επιτραπέζιων αγγείων (πινάκια, κούπες). Η παρουσία του κλιβάνου δηλώνει την επί τόπου παραγωγή κεραμικής για την κάλυψη των καθημερινών αναγκών της Μονής.
Η αποκατάσταση της τράπεζας όσο και η ανασκαφική έρευνα έγινε με χρηματοδότηση της Αστικής Μη Κερδοσκοπικής Εταιρίας Πολιτιστικού και Κοινωφελούς Έργου ΑΙΓΕΑΣ του Αθανάσιου και Μαρίνας Μαρτίνου.